Фильм «Крёстный отец» — это криминальная сага, повествующая о нью-йоркской сицилийской мафиозной семье Корлеоне. Фильм охватывает период 1945—1955 годов. Действие картины начинает разворачиваться летом 1945 года во время праздничного приёма в доме дона Вито Корлеоне (Марлон Брандо) в честь свадьбы его дочери Конни (Талиа Шайр) и Карло Рицци (Джиани Руссо). В это время дон Вито — глава мафиозного клана Корлеоне, известный всем как «Крёстный отец», — и личный юрист семейства и и. о. консильери Том Хэген (Роберт Дювалл) принимают поздравления и слушают просьбы от друзей и партнёров, которые те высказывают, зная, что «ни один сицилиец не сможет отказать в просьбе в день свадьбы своей дочери». Тем временем любимый младший сын дона Майкл (Аль Пачино), герой Второй мировой войны, честно рассказывает своей подруге Кей Адамс (Дайан Китон) истории о «специфической» профессии своего отца и его окружающих, однако заверяет её, что «это его семья, но не он сам».
Среди приглашённых гостей на празднике появляется известный певец Джонни Фонтэйн (Аль Мартино), крестник Корлеоне, прибывший из Голливуда, чтобы попросить дона Вито помочь получить роль в фильме, которая оживит его затухающую славу. Джонни говорит, что глава киностудии Джек Вольц (Джон Марли) не даёт ему роль, на что дон отвечает, что «сделает ему предложение, от которого он не сможет отказаться» и посылает Хэгена в Калифорнию устранить проблему. Джек Вольц сначала резко, а потом (узнав, кого представляет Хэген) более дипломатично, настаивает на своей позиции и говорит, что ни за что не даст роль Фонтейну, потому что тот отбил любовницу у Вольца — восходящую кинозвезду. На следующее утро Вольц в ужасе обнаруживает у себя в постели отрубленную голову племенного скакуна, приобретённого за 600 000 долларов. И Фонтейн получает роль.
Семья Корлеоне за долгие годы упорной работы практически монополизировала связи, обеспечивающие политическое прикрытие сицилийским преступным кланам. Такое положение дел совсем не устраивает остальные кланы, ведь с каждым годом клан Корлеоне становится всё более богатым и влиятельным. Реализуя тщательно спланированный и продуманный план они начинают наступление на клан Корлеоне. Операция начинается якобы с просьбы недавно прибывшего из Европы Вёрджила «Турка» Соллоццо (Эл Леттери), поддерживаемого кланом Татталья. Солоццо вежливо, но достаточно настойчиво просит дона Корлеоне оказать политическое и юридическое прикрытие в новом перспективном направлении — торговле наркотиками. Взамен Солоццо предлагает возможность частично финансировать наркоторговлю и долю в 30 %. Дон Корлеоне понимает, что всё решили без его клана и его ставят перед фактом. Дон Корлеоне отказывается, объясняя это тем, что его политическое влияние было бы дискредитировано причастностью к торговле наркотиками. Во время переговоров вспыльчивый старший сын дона, Сонни (Джеймс Каан), нарушает субординацию и высказывает возмущение усилению влияния клана Татталья. Дон Вито, раздосадованный сильной позицией кланов и не на шутку рассерженный неспособностью сына вести сложные переговоры, делает Сонни резкое замечание. Дон Корлеоне понимает, что без политического прикрытия, которое может обеспечить только его клан, бизнес Солоццо обойтись всё-таки не может. Вито понимает — отказав Солоццо и отказавшись участвовать в сверхприбыльном наркотическом бизнесе, семья Корлеоне ослабляет свои позиции и вынуждает Солоццо и тех, кто стоит за ним, устранять преграду. Желая предупредить следующие действия конкурирующих кланов и Солоццо, Вито, не желая ждать их следующего хода, посылает своего лучшего бойца Луку Брази (Ленни Монтана) войти в доверие Солоццо и клану Таталья. Враждебный клан безошибочно угадывает ход Корлеоне и убивает Луку Брази. Война фактически объявлена…

Накануне Рождества в дона Корлеоне выпускают из револьверов пять пуль. Заменяющий внезапно заболевшего охранника средний брат Фредо не смог защитить отца. Основная сила клана Корлеоне — это личные связи дона Корлеоне, с его смертью монополия на политическое прикрытие будет разрушена, а клан Корлеоне лишится своего главного козыря. Уверенные в смерти Вито Корлеоне, Солоццо и Татталья демонстрируя силу похищают Хэгена, чтобы передать через него предложение для Сонни принять их условия. Однако, Вито Корлеоне выжил после покушения. Взбешённый покушением на отца, Сонни отказывается вести переговоры и ставит клану Татталья ультиматум — либо они выдают для расправы Солоццо, либо семья Корлеоне объявляет войну всем. Сонни до сих пор не понимает, что дело совсем не в Солоццо, а война уже давно объявлена.

Клан Корлеоне собирается на совет. Майкл отстранённо наблюдает за первыми распоряжениями Сонни в качестве главы семьи. Первыми распоряжениями Сонни являются приказ убить охранника дона, который сказался больным в день покушения и найти куда-то пропавшего Луку Брази. Татталья отказываются выдать Солоццо и вместо этого, демонстрируя силу и провоцируя Сантино, посылают Корлеоне доказательство смерти Луки Брази — дохлую рыбу, завёрнутую в бронежилет Луки. Пока клан Корлеоне только реагирует на действия противников и реагирует предсказуемо. Майкл, понимая, что Сонни явно не справляется, встречается с Кейт и говорит, чтобы она возвращалась к родителям и он не знает, когда они снова смогут увидеться.

Майкл навещает своего отца в больнице и с ужасом обнаруживает, что охрана из полицейских кем-то снята и дона никто не охраняет. Понимая, что на отца прямо сейчас будет совершено повторное покушение, он перемещает его в другую палату, предупреждает по телефону Сонни о беззащитности отца, а сам становится перед входом в больницу, изображая охранника. С помощью подошедшего пекаря Энцо, который чувствует себя обязанным дону, он вводит в заблуждение людей Солоццо, которые подъезжают к больнице, чтобы добить Корлеоне. Люди Солоццо уезжают, увидев, что дона всё-таки охраняют. Вместо них, приезжают полицейские во главе с коррумпированным капитаном Марком МакКласки (Стерлинг Хэйден), который в ответ на обвинение в связях с Соллоццо наносит Майклу сильный удар в лицо. В это время появляется Хэген с новыми охранниками для дона Корлеоне. МакКласки в бешенстве вынужден ретироваться. Сонни радостно сообщает Майклу, что они убили Бруно Татталья, сына главы семейства, и разрушительная война группировок началась. Майкл понимает, что вспыльчивый и склонный к непродуманным действиям Сонни не способен успешно противостоять объединённым вражеским кланам и вынужден включиться в борьбу.

Солоццо понимает, что атака провалилась, дон Корлеоне жив, а клан Корлеоне уже оправился от вероломного нападения и вскоре обрушит всю свою военную и политическую мощь на своих обидчиков. Однако, дон Корлеоне без сознания и в любую минуту может умереть. Солоццо ищет возможности немедленно обсудить ситуацию и предложить новые, более выгодные условия клану Корлеоне. Солоццо предлагает использовать для переговоров Майкла, так как всем известно, что он вне игры. Майкл неожиданно предлагает эффективный способ и нанести ощутимый удар врагам, и изменить расстановку сил. Майкл хочет лично убить Солоццо и МакКласки на этой встрече. Это поначалу веселит Сонни и Клеменца (Ричард Кастеллано). Думая, что Майкл хочет отомстить за покушение на отца, они заверяют, что в покушении не было ничего личного, мол это просто бизнес. Однако, Майкл убеждает их в серьёзности и хладнокровности своих намерений и заявляет в ответ: «Ничего личного. Это только бизнес».

Во время встречи с Солоццо Майкл выходит в туалет, где достаёт из тайника заранее спрятанный там револьвер, и расстреливает Солоццо и МакКласки, после чего подается в бега на Сицилию. Война семьи Корлеоне с объединившимися против них «пятью семействами» в самом разгаре.
В Нью-Йорке дон Корлеоне возвращается домой из больницы и с удивлением узнаёт о последних событиях и, что именно Майкл убил Солоццо и МакКласки. Он очень огорчен этим известием, так как не хотел компрометировать Майкла участием в семейном бизнесе. Возможность легальной карьеры Майкла навсегда разрушена, а сам Майкл находится за границей в бегах. Резиденция семьи Корлеоне превращена в крепость, и враждебные кланы, неся чувствительные потери, ищут возможности подобраться к непримиримому Сантино.

Несколько месяцев спустя, в 1948 году, Сонни начинает замечать неладное в семейных отношениях своей сестры Конни. Её муж Карло последовательно унижает и избивает Конни. Скорый на расправу Сонни избивает Карло Рицци за то, что тот бил беременную Конни, и предупреждает его, что если такое повторится, то он его убьёт. Несмотря на страшное предупреждение, Карло вновь избивает Конни. Разъярённый Сонни без охраны мчится к сестре, но на въезде на хайвей он попадает в подготовленную засаду и его расстреливают вражеские боевики.

На Сицилии Майкл живёт под защитой дона Томазино, старого друга семьи Корлеоне. Там он влюбляется и женится на местной девушке Апполонии Вителли (Симонетта Стефанелли), которая погибает во время попытки завести автомобиль, в который была заложена бомба, предназначавшаяся для Майкла.

Дон Корлеоне ещё не оправился от ранений, но, лишившись преемника и старшего сына и узнав о покушении на Майкла, вынужден вернуться к делам и спасать положение. Он организует встречу с главами «пяти семейств» с целью положить конец войне. На встрече дон Корлеоне говорит, что продолжение войны не только приведёт всех к разорению, но также что её окончание — это единственная возможность для Майкла безопасно вернуться домой. Изменив ради этого своим принципам, дон соглашается поддержать дело Татталья относительно импорта героина, при условии, что оно будет управляемо и наркотики не будут продаваться детям. Вторым его условием является требование гарантии безопасного возвращения Майкла. Дон даёт всем слово, что «пока он жив, он не будет мстить за смерть Сантино». Такое предложение настолько неожиданно и приемлемо, что главы кланов не замечают подвоха и с радостью соглашаются, превознося мудрость дона Корлеоне. Дон предупреждает кланы, если с Майклом случится что-то плохое, его месть будет страшна и незамедлительна. После обсуждения различных вопросов на встрече глав кланов и оценке поведения и реакций участников, дон говорит Хэгену, что организатором атаки на семью на самом деле были не Солоццо и клан Таталья, а клан Барзини.

Майкл возвращается из Сицилии. Дон Корлеоне готовит Майкла к вступлению в должность. В 1951, более чем через год после своего возвращения, он встречается со своей прежней подругой Кей и предлагает ей выйти за него замуж. После смерти Сонни дон практически удаляется от дел, средний брат Фредо (Джон Казале) совершенно не способен к управлению, и Майкл фактически становится главой всего преступного синдиката, но он обещает Кей сделать бизнес своего отца полностью законным в течение пяти лет.

Клеменца и Сальваторе Тессио (Эйб Вигода) жалуются дону Корлеоне, что терпят притеснения со стороны семейства Барзини, и спрашивают разрешения на ответный удар, но Майкл отказывает им в этом. Он планирует переместить деятельность своего семейства в штат Невада. Майкл обещает Клеменцо и Тессио, что в течение 6 месяцев он «решит все проблемы и ответит на все вопросы». В расстановке сил клана Корлеоне происходят перемены: все дела ведёт Майкл, отец берёт на себя обязанности консильери, а Том Хэген, который не справился с ситуацией после покушения на дона Корлеоне, отстраняется от дел и становится адвокатом клана. Хэген высказывает дону недовольство относительно своего нынешнего положения и политики Майкла, но Вито подтверждает, теперь всё решает Майкл.

Связанный обещанием отца не вести враждебных действий против вражеских кланов, Майкл не может бездействовать, глядя как враги прибирают к рукам бизнес семьи. Майкл применяет революционную стратегию (позднее она попадёт в учебники по бизнесу) — и переводит бизнес семьи на другую территорию, в Неваду. В Лас-Вегасе Майкл встречается с крупным владельцем сети гостиниц и казино Мо Грином (Алекс Рокко), достаточно жёстко ставит его перед фактом, что клан Корлеоне решил перевести свой бизнес в Неваду и предлагает выкупить долю Мо Грина в казино. Мо не соглашается принять предложение и ставит себя под удар. Искать причину вины Мо Грина долго не пришлось — выясняется, что Мо Грин позволил себе ударить Фредо на публике. Фредо пытается сгладить ситуацию, выгораживая Мо, однако Майкл непреклонен.

Майкл возвращается в Нью-Йорк. Дон Вито разгадывает замыслы врагов и говорит, что после его смерти Барзини вызовет Майкла на встречу, во время которой Майкла убьют. Человек, который передаст предложение — предатель. Вито также говорит, что никогда не желал для Майкла судьбы главы семьи, а хотел, чтобы его младший сын занимался законной политикой в качестве, например, сенатора или губернатора. Майкл заверяет отца, что выполнит какой-то план (который видимо они разработали вдвоём). Вскоре дон умирает от сердечного приступа во время игры в саду со своим внуком Энтони. На похоронах Тессио передаёт Майклу предложение о встрече от Барзини — предсказания Вито сбываются.

Теперь клан Корлеоне более не связан словом, которое дал Вито главам пяти семейств. Настаёт время платить по счетам…

Майкл соглашается быть крёстным отцом сына Карло и Конни. Во время церемонии крещения его люди уничтожают всех до единого главарей враждебных семейств:
Дон Кунео расстрелян в проёме двери руками Вилли Чиччи.
Дон Страччи застрелен Клеменца в лифте.
Дон Татталья застрелен Рокко Лампоне в постели вместе с проституткой.
Дон Барзини застрелен Альбертом Нери, который для этого надел свою старую полицейскую форму.
Мо Грин застрелен неизвестным убийцей во время сеанса массажа.

Тессио понимает, что заговор раскрыт. Он говорит Хэгену, что его поступок — это «всего лишь бизнес», робко просит о прощении, понимая, что это бесполезно. Тессио уезжает с людьми Майкла навстречу своей смерти. Майкл обещает Карло, что если тот признается в соучастии в убийстве Сонни, он не будет мстить мужу своей сестры и отцу крёстника. Карло верит Майклу и во всём признаётся. Майкл даёт Карло билет на самолёт до Лас-Вегаса. Карло садится в машину, чтобы ехать в аэропорт, где погибает от удавки Клеменца.

Конни во всеуслышание обвиняет Майкла в убийстве мужа. Кей начинает расспрашивать его относительно смерти Карло, но Майкл отказывается ей отвечать. Она настаивает и тогда он уверяет её, что не имеет к смерти зятя никакого отношения. Кей, поверив ему, успокаивается.

Фильм заканчивается тем, что Кей, только что заверенная мужем в непричастности последнего к смерти Карло и других, видит через дверной проём кабинета, как Клеменца целует руку Майкла, приветствуя его, как нового дона… Кей понимает, что все сказанное ей Майклом — ложь. Дверь в кабинет закрывается, и закрывается между Кей и Майклом…