GetComponent<Renderer>().materials[0].color = new Color32(0,0,0,254);
GetComponent<Renderer>().materials[0].SetTexture("_MainTex", другая_текстура);

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class СменаТекстуры : MonoBehaviour {
       public Texture другая_текстура;
       public bool сменить_цвет;
       private  Color32 цвет, цвет2;

       void Start()    
       {
           цвет = GetComponent<Renderer>().material.color;//запоминаем "родной" цвет
       }

       void Update()
       {
           if (сменить_цвет)//если надо сменить цвет, то задаём его.
           {
               цвет2 = Color32.Lerp(new Color32(1, 1, 1, 1), new Color32(0, 0, 0, 0), Mathf.PingPong(Time.deltaTime, 2) / 1); //чё-то оно не мигает.   
           }
           else//иначе
           {
               цвет2 = цвет;//цвет, на который меняем, будет равен "родному" цвету.
           }
           GetComponent<Renderer>().material.color = Color32.Lerp(GetComponent<Renderer>().material.color, цвет2, (Mathf.PingPong(Time.deltaTime, 1) / 1));//самое главное - для плавности Lerp выносим его просто в Update и задаём в него цвет между настоящим цветом и цветом, на который надо менять.
       }

       public void ПоменятьТекстуру()//вызываемый нами метод
       {
           if (сменить_цвет)//меняем значение на противоположное
           {
               сменить_цвет = false;
           }
           else
           {
               сменить_цвет = true;
           }
           //GetComponent<Renderer>().materials[0].SetTexture("_MainTex", другая_текстура);          
       }
}

using UnityEngine;
using System.Collections;

//данный скрипт - для самого объекта с меняемым материалом

public class СменаТекстуры : MonoBehaviour {
         private  Texture текстура1;
         public  Texture текстура2;

         void Start()      
         {
             текстура1 = GetComponent<Renderer>().material.GetTexture("_MainTex"); //запоминаем начальную текстуру
         }

         public void ПоменятьТекстуру()
         {
             if (GetComponent<Renderer>().material.GetTexture("_MainTex") == текстура1)//если текстура материала - это первая (родная текстура)
             {
                 GetComponent<Renderer>().material.SetTexture("_MainTex", текстура2);//то меняем её на вторую
             }
             else//наоборот -
             {
                 GetComponent<Renderer>().material.SetTexture("_MainTex", текстура1);// - меняем на первую
             }
         }
}